Islam w Uzbekistanie od upadku ZSRR po dziś Kotlina Fergańska, ze względu na jej geograficzne uwarunkowania, była przez lata odcięta od wpływów różnych ugrupowań i władz, w tym marksizmu. W tym odizolowanym regionie już w czasach pieriestrojki zaczęły oddolnie powstawać ugrupowania takie jak Adolat czy Iman będące samozwańczymi grupami „zapewniającymi porządek w regionie”. Jednym z członków wymienionych powyżej bojówek, był Tohir Yo’ldoshev, założyciel grupy Islom Lashkorali (wojownicy islamu). W 1998 roku, wraz ze swoim wspólnikiem, Jumą Namangoniyim, utworzyli Islamski Ruch Uzbekistanu (IRU). Namangoniy utrzymywał kontakty z talibami w Afganistanie oraz brał udział w handlu narkotykami. Celem organizacji było utworzenie państwa islamskiego w Kotlinie Fergańskiej, przy jednoczesnym obaleniu rządu uzbeckiego i kirgiskiego. Wkroczenie Amerykanów do Afganistanu w 2001 roku spowodowało zacieśnienie współpracy z Al-Kaidą i talibami. W tym samym roku Namangoniy został zabity. W 2004 roku IRU przeprowadziła ataki terrorystyczne w Taszkiencie, przyznając się do ich popełnienia. Organizacja ostatecznie zmieniła front i zaangażowała się w międzynarodowy dżihad po śmierci przywódcy Yo’ldosheva w 2009 roku.