W 2004 roku opublikowano genom szczepu R. arrhizus 99-880 (wówczas pod nazwą R. oryzae). Był to pierwszy organizm zsekwencjonowany w typie Zygomycetes, do którego wówczas włączono R. oryzae. Charakteryzuje się niezwykle dużym stopniem duplikacji genów. Ma 45,3 Mbp (milionów par zasad) i w 20% składa się z elementów transpozycyjnych. Zawiera 13 895 genów kodujących białka nie pokrywających się z elementami transpozycyjnymi. Sekwencjonowanie klinicznego szczepu Rhizopus arrhizus ujawniło dowody na duplikację całego genomu przodków podczas ewolucji grzyba, co spowodowało ekspansję wielu rodzin genów związanych ze zjadliwością grzybów u ssaków, komórek syntezy ścian i przekazywanie sygnału oraz biosyntezy ergosterolu. Ta wyjątkowa ewolucja genomu wyjaśnia wyjątkowo agresywną skłonność Mucorales do szybkiego wzrostu u pacjentów oraz ogromne zdolności adaptacyjne i przeżycie grzyba w nieprzyjaznym środowisku, w tym środków przeciwgrzybiczych i sił obronnych gospodarza.