Okres II wojny światowej W 1939, gdy wskutek napaści ZSRR na Polskę pod kontrolą radziecką znalazły się wschodnie województwa tego kraju, znajdujące się na ich obszarze struktury Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego zostały przyłączone do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Metropolita moskiewski i kołomieński Sergiusz powierzył w 1940 arcybiskupowi Mikołajowi godność arcybiskupa wołyńskiego i łuckiego, egzarchy zachodnich obwodów Ukrainy i Białorusi. W marcu 1941 arcybiskup Mikołaj otrzymał godność metropolity, zachowując dotychczasowe obowiązki. Pełnił je formalnie do 15 lipca 1941; faktycznie dwa tygodnie przed inwazją III Rzeszy na ZSRR wyjechał z Kijowa do Moskwy. Od lipca 1941 nosił tytuł metropolity kijowskiego i halickiego, egzarchy ukraińskiego.
Został ewakuowany razem z metropolitą moskiewskim i kołomieńskim Sergiuszem do Uljanowska, jednak zdecydował się na powrót do Moskwy i pozostał tam do końca działań wojennych. Wykonywał obowiązki kanclerza Patriarchatu Moskiewskiego. Wielokrotnie występował publicznie, wzywając ludność do walki w obronie ZSRR, wyjeżdżał także poza Moskwę, by odprawiać nabożeństwa i głosić patriotyczne kazania. 15 lipca 1941 został nagrodzony prawem noszenia dwóch panagii oraz niesienia krzyża przed sobą podczas nabożeństw.