Gatunek ten jest powszechnie akceptowany przez innych autorów, dodatkowo uznaje się go za monotypowego (brak wyróżnionych podgatunków).
Etymologia Berardius (Berardus) – Auguste Bérard (1802–1846), kapitan (późniejszy admirał) francuskiej marynarki wojennej, dowódca korwety „Ren”, na której podczas rejsu zebrano holotyp rodzaju. minimus – najmniejszy. Naukowcy nadali taki epitet gatunkowy nowemu gatunkowi, gdyż waleń uchodzi za najmniejszego spośród wszystkich przedstawicieli rodzaju. Chociaż japońscy wielorybnicy nazywają go „kuro-tsuchi”, co można tłumaczyć jako „czarny dziobogłowiec północny”, to jednak nie zawsze ciało tego gatunku jest całkowicie czarne (patrz: morfologia), toteż naukowcy w nazwie naukowej nawiązali do wielkości B. minimus, a nie ubarwienia. Filogeneza Naukowcy w celu zbadania relacji filogenetycznych pomiędzy przedstawicielami rodzaju dziobogłowiec użyli sekwencji nukleotydów pobranych z regionu kontrolnego mitochondrialnego DNA (mtDNA). Próbki pobrane od ośmiu osobników B. minimus wykazały pięć haplotypów z różnicami zaledwie 1–4 nukleotydów; stosując sekwencję regionu kontrolnego wykazano, że nowy gatunek różni się od swych krewniaków – różnica ta wynosiła 18–22 nukleotydów w przypadku B. bairdii oraz 25–29 w przypadku B.