Zwiększono także rozstaw szyn z pierwotnych 750 mm na 1000 mm.
Z powodu problemów z wykupem gruntów prace nad położonym w dolinie odcinkiem Garmisch – Eibsee ruszyły dopiero latem 1929. Na tym odcinku największe wyzwanie stanowiła budowa wiaduktu kratownicowego nad linią kolejową Außerfernbahn, budowa przejazdu nad Kreuzeckbahnstraße oraz tunelu Katzenstein o długości 75 m. Odcinek ten ukończono jako pierwszy i został on oddany do użytku 19 grudnia 1929 roku.
W dolnym odcinku górskim między Eibsee a Riffelriß prace mogły ruszyć już latem 1928 roku. Ze względu na różnice w poziomie terenu na odcinku tym zbudowano krótki tunel oraz nadsypano wał ziemny o wysokości 12 m.
Największym wyzwaniem całej trasy było zbudowanie 4,2–kilometrowego tunelu pod szczytem Zugspitze na najwyższym odcinku między Riffelriß a lodowcem Schneeferner. W lecie 1928 roku przeprowadzono prace geodezyjne, a od jesieni 1928 roku prace przy drążeniu tunelu mogły ruszyć jednocześnie z pięciu miejsc dzięki systemowi pomocniczych kolejek linowych. 8 lutego 1930 roku ukończono przebicie tunelu do Schneeferner. Po dwóch latach budowy 8 lipca 1930 roku otwarto górski odcinek z Eibsee do górnej stacji zlokalizowanej na lodowcu Schneeferner. Całość kosztowała 22 mln DM.