Wprowadzono również do ruchu dwa nowe zespoły trakcyjne, które mogły poruszać się zarówno po trasie zębatej, jak i klasycznej – pasażerowie tych pociągów nie muszą przesiadać się z klasycznego składu na zębaty na stacji Grainau.
10 czerwca 2000 roku doszło do zderzenia dwóch pociągów Zugspitzbahn w tunelu Katzenstein. W wyniku tego zdarzenia co najmniej 64 osoby zostały ranne.
W listopadzie 2021 roku oddano do użytku całkowicie nowy dworzec dla Zugspitzbahn w Garmisch-Partenkirchen.
Przebieg thumb|Profil wysokościowy trasy Zugspitzbahn thumb|Plan tunelu pod Zugspitze Początek trasy Bayerische Zugspitzbahn znajduje się na stacji Garmisch (pierwotnie Garmisch-Partenkirchen B.Z.B.) zlokalizowanej w Garmisch-Partenkirchen na wysokości 705 m n.p.m. w pobliżu stacji kolejowej DB Garmisch-Partenkirchen. Początkowy odcinek trasy nie jest wyposażony w trzecią szynę z zębami i mogą po nim poruszać się pojazdy trakcyjne o klasycznym napędzie. Przez pierwsze trzy kilometry linia Zugspitzbahn przebiega równolegle do normalnotorowej linii kolejowej Außerfernbahn (Garmisch-Partenkirchen – Kempten (Allgäu)). Na tym odcinku znajduje się przystanek osobowy Hausberg (przy dolnej stacji kolei linowej Hausbergbahn) oraz dawniej znajdował się przystanek osobowy Rießersee B.Z.B.