Łąki Oborskie leżą w zlewni Wilanówki - lewego dopływu Wisły. Główne rowy melioracyjne (R1-R4) odprowadzają wodę do wspomnianego wcześniej Kanału Habdzińskiego, płynącego na północ wzdłuż wschodniej krawędzi łąk. Ciek ten po ich minięciu przepływa dalej syfonem pod Jeziorką i od tego miejsca nosi nazwę Wilanówka.
Środek łąk między Konstancinem a Oborami przecina grobla, zwana często Groblą Oborską.
W pobliżu łąk na północy znajdują się niewielkie zbiorniki wodne i przepływa Jeziorka. Najmniejsza odległość do Wisły wynosi około 3,2 km.
Łąki Oborskie są powiązane ekohydrologicznie z przyległym od południa rezerwatem przyrody Łęgi Oborskie i jego przyszłość zależy od warunków wodnych na łąkach. Z tego powodu eksperci zalecają m.in. podpiętrzenie rowów melioracyjnych w sąsiadującej z rezerwatem, zachodniej części łąk poprzez budowę przetamowań i zabezpieczenie tam bobrowych oraz zaniechanie prac utrzymaniowych. Natomiast w koszonej, wschodniej części łąk postulują utrzymanie korzystnego tutaj z punktu widzenia ochrony przyrody ekstensywnego użytkowania i budowę zastawek na rowach, zmniejszających tylko ich funkcje drenujące.