przeznaczono je na cele wojenne.
W 1929 remont organów głównych przeprowadził Dominik I Biernacki z Włocławka. Uzupełnił prospekt piszczałkami z blachy cynkowej i wymienił stół gry.
Po zakończeniu II wojny światowej organy boczne zostały znacznie zniszczone i splądrowane przez żołnierzy Armii Czerwonej; stały się niezdatne do gry.
W latach 1979–1981 zespół konserwatorów dzieł sztuki z Pracowni Konserwacji Zabytków w Toruniu odsłonił pierwotną kolorystykę (polichromię i złocenia) i przeprowadził konserwację obudowy organów bocznych. W latach 1981–1983 organmistrz Józef Mollin, z polecenia proboszcza księdza prałata Ryszarda Kwiatka i przy konsultacjach konserwatorskich Mariana Dorawy, przeprowadził prace rekonstrukcyjne; zniszczone elementy instrumentu zostały wiernie odtworzone. Z pieniędzy zebranych podczas kwest organizowanych przez księdza Kwiatka zakupiono 300 kg. cyny, która posłużyła do zrekonstruowania brakujących piszczałek prospektu. Odtworzono pierwotną barokową dyspozycję głosów z 1688. Naprawiono zniszczone elementy traktury mechanicznej. Odbudowano zespół trzech miechów klinowych. Staraniem księdza Zygmunta Labudy – dyrektora ekonomicznego diecezji chełmińskiej – sprowadzono cichobieżną dmuchawę elektryczną firmy .