26 września 1941 roku Święciany zostały otoczone przez jednostki niemieckiej i litewskiej policji. Wszystkim Żydom, z wyjątkiem wyselekcjonowanych rzemieślników i ich rodzin, rozkazano przenieść się do prowizorycznego obozu, który został zorganizowany na poligonie wojskowym pod Nowymi Święcianami. W nocy z 26 na 27 września pewna liczba Żydów uciekła ze Święcian, udając się do Generalnego Okręgu Białorusi. Następnego dnia większość pozostałych w mieście Żydów zabrano na poligon. Trafiło tam również kilka tysięcy Żydów z sąsiednich miejscowości. Przez blisko tydzień byli przetrzymywani w prymitywnych barakach na terenie poligonu. Byli przy tym bici i grabieni przez litewskich strażników. W międzyczasie opustoszałe żydowskie domy w Święcianach zostały gruntownie ograbione przez miejscowych Litwinów.
Żydzi, którzy pozostali w Święcianach, uzyskali pozwolenie na dostarczenie na poligon niewielkiej ilości żywności. Za pomocą łapówek udało się stamtąd wydostać jeszcze kilku rzemieślników. Ostatecznie 7–8 października 1941 roku Żydzi przetrzymywani na poligonie zostali rozstrzelani. Według raportu Jägera zamordowano wtedy 3726 mężczyzn, kobiet i dzieci, aczkolwiek niektóre źródła są skłonne szacować liczbę ofiar masakry nawet na 8 tys.