Święciany zostały zajęte przez Wehrmacht około tydzień po rozpoczęciu inwazji. W mieście utworzono niemiecką komendanturę wojskową (Ortskommandantur). Okupanci powołali także kolaboracyjne władze miejskie i policję pomocniczą, złożone przede wszystkim z Litwinów. Burmistrzem został mianowany Vincas Blažys, podczas gdy komendantem policji w Święcianach został Juozas Šležys.
Od pierwszych dni okupacji miejscowi Żydzi padali ofiarą szykan i przemocy. Bito ich na ulicach, ograbiano ich domy, zabierano do rozmaitych prac przymusowych i poddawano brutalnemu traktowaniu. W lipcu 1941 roku Niemcy przy aktywnym wsparciu miejscowych Litwinów przeprowadzili dwie „akcje”, w których wyniku aresztowano i rozstrzelano 140 Żydów.
W sierpniu 1941 roku władze w mieście przejęła niemiecka administracja cywilna. Na rozkaz komisarza okręgu Wilna-Land przeprowadzono spis ludności żydowskiej. Ponadto Żydom narzucono obowiązek noszenia opasek z Gwiazdą Dawida oraz wprowadzono względem nich ograniczenia w swobodzie poruszania się i przy zakupie żywności.