Jako wadę A Plague Tale: Innocence najczęściej wskazywano etapy polegające na skradaniu się oraz mechanikę wytwarzania przedmiotów. Edwin Evans-Thirlwell w umiarkowanie pozytywnej recenzji gry dla Eurogamera twierdził, że omijanie przeciwników i zabijanie z ukrycia jest monotonne. Zdaniem Stevena Petite’a z IGN wytwarzanie broni dzięki zdolnościom alchemicznym bohaterki jest zbyt łatwe ze względu na wszechobecność dostępnych surowców. Malindy Hetfeld z „PC Gamera” miała wątpliwości co do poziomu przemocy w grze i jej wpływu na główne postaci: „trudno uwierzyć, że Amicia jest naprawdę przerażona tym, co robi, kiedy jednocześnie zrzuca żyrandole na głowy ludzi”. Stąd też różniły się reakcje na dysonans między grą a jej fabułą: Ben Reeves z magazynu „Game Informer” uznawał Innocence za „niezbyt interesującą grę opakowaną w niezapomnianą przygodę”, tymczasem Zoe Delahunty-Light w recenzji dla GamesRadar+ była innego zdania, twierdząc iż „gra staje się tym ambitniejsza, im dłużej się w nią gra, a świat jest tak piękny (w swym ponurym tragizmie), że aż prosi się o tryb fotograficzny”. Wskazywano przy tym podobieństwa konstrukcji Innocence do innych przygodowych gier akcji, The Last of Us i Uncharted 3 studia Naughty Dog.