Hindusów identyfikowano także poprzez sprawdzanie braku obrzezania lub żądanie odmówienia muzułmańskich modlitw. Ludobójstwo spowodowało również masową ucieczkę około 8 milionów uchodźców z Pakistanu Wschodniego do Indii, z których 80–90% stanowili hindusi.
Imamowie pakistańscy uznali bengalskie kobiety za „łup wojenny”. i wydali fatwę, legitymizującą wobec nich przemoc seksualną. Kobiety będące celem Pakistańczyków często umierały w niewoli lub popełniały samobójstwo, podczas gdy inne próbowały ucieczki do Indii.
Działania Pakistanu podczas wojny o niepodległość Bangladeszu posłużyły jako katalizator indyjskiej interwencji wojskowej wspierającej Mukti Bahini, co doprowadziło do wojny indyjsko-pakistańskiej w 1971 roku. Konflikt i ludobójstwo formalnie zakończyły się 16 grudnia 1971 roku, kiedy połączone siły Bangladeszu i Indii otrzymały od strony pakistańskiej prośbę o rozejm. W sumie w wyniku konfliktu około 10 milionów uchodźców z Bengalu Wschodniego uciekło na terytorium Indii, a spośród 70 mln całkowitej populacji Pakistanu Wschodniego aż ok. 30 mln ludzi zostało wewnętrznie przesiedlonych.