Od 1526 roku były wraz z całym Śląskiem częścią Monarchii Habsburgów, a cesarz Ferdynand I wydzierżawił je w 1557 roku rodzinie Czetryców (niem. Zetritz). W czasie wojny trzydziestoletniej przeżyły kilka ataków. W 1623 roku zostały splądrowane przez lisowczyków, a trzy lata później obroniły się przed wojskami Ernsta von Mansfelda. Według tradycji przyczyniły się do tego zwłaszcza miejscowe kobiety, oblewając szturmujących mury napastników kubłami wrzątku. W 1645 roku miasto zdobyli Szwedzi pod wodzą Lennarta Torstenssona. Po pierwszej wojnie śląskiej w 1742 roku Gliwice przypadły Królestwu Prus. Powstał powiat Toszek-Gliwice (Landkreis Tost-Gleiwitz), który po reformie administracyjnej w 1815 roku stał się częścią rejencji opolskiej (Regierungsbezirk Oppeln) w ramach prowincji Śląsk (Provinz Schlesien). thumb|left|Stary port na Kanale Kłodnickim w XIX wieku