Systematyka thumb|left|Świnię palawańską opisano jako podgatunek podobnej doń świni brodatej Świnię palawańską opisał w 1888 Huet. Jako miejsce typowe podał Palauan, mając na myśli wyspę Palawan. W Handbook of the Mammals of the World znajduje się informacja, jakoby nie uznawał jej wtedy za osobny gatunek świni, ale opisał ją jako podgatunek świni brodatej, innego gatunku zamieszkującej Indonezję świni opisanej pół wieku wcześniej. Użyłby więc nazwy Sus barbatus ahoenobarbus. Jednakże w publikacji z 1888 Huet używa nazwy Sus ahoenobarbus.
Bez względu na status gatunkowy świnia ta zalicza się do rodziny świniowatych (Suidae). Obecnie rodzinę tę reprezentuje 18 gatunków. Wszystkie należą do tej samej podrodziny Suinae, która pojawiła się w Europie bądź na zachodzie Azji w środkowym miocenie. Następnie uległy radiacji adaptacyjnej, dzieląc się na liczne rodzaje w kilku plemionach, do których należą Suini. Plemię to obejmuje współczesny rodzaj Sus, czyli świnia. Świnie te dzieli się dalej na dwie główne grupy w zależności od wyglądu twarzy. Do pierwszej należy dzik euroazjatycki, gatunek o gładkiej twarzy liczny w podgatunki. Do drugiej należą gatunki zwane po angielsku Warty Pigs, czyli świniami brodawkowatymi, noszące na twarzy brodawki. Do nich właśnie należy świnia palawańska, jak też i brodata.