Ich różnicowanie, związane z oddzielaniem się populacji na wyspach, przypada na pliocen, pomiędzy 4 a 2,5 milionami lat temu.
Później doniesiono jednak o istotnych różnicach dzielących świnię palawańską i świnię brodatą. Co więcej, wykonane badania mtDNA wskazały na bliższe pokrewieństwo świni palawańskiej ze świnią wisajską, gatunkiem zamieszkującym Filipiny, a nie Indonezję, niż ze świnią brodatą. Z drugiej strony Meijaard i inni podkreślają podobieństwo anatomiczne świni palawańskiej i brodatej, w tym obecność białawej brody, a brak wydatnych brodawek na twarzy obecnych u świni filipińskiej czy grzywy też obecnej u świni filipińskiej, a jeszcze wydatniejszej i opadającej na oczy u świni wisajskiej. Jako kolejny argument za bliskim pokrewieństwem świń palawańskiej i brodatej jest kariotyp. Oba gatunki liczą bowiem po 38 chromosomów, a więc o 2 więcej niż u świń wisajskiej czy filipińskiej. Nowsze, nieznane jeszcze Meijaardowi i innym badania podają w ogóle u świni wisajskiej tylko 34 chromosomy. W każdym razie autorzy Handbook of the Mammals of the World widzą w świni palawańskiej bliską krewną świni brodatej, prawdopodobnie jej skarłowaciałą formę. Zauważają jednak potrzebę dalszych badań. Jako inne wytłumaczenie pewnych cech łączących świnie palawańską i wisajską podają krzyżowanie się obu gatunków.