Gdy w lipcu 1936 roku wybuchła hiszpańska wojna domowa i zakonnicy szukali schronienia u zaprzyjaźnionych rodzin, o. Félix w miarę możliwości udzielał sakramentów, a nawet sprawował msze święte. Po przybyciu do Pastrany milicjantów z Madrytu, poszukujących ukrywających się zakonników, franciszkanin został aresztowany 2 lub 3 września. Internowano go w klasztorze zaadaptowanym na więzienie. Chciano zmusić go wielokrotnie do wypowiadania bluźnierstw. 6 września do o. Félixa dołączyli trzej wyśledzeni klerycy franciszkańscy. Nocą 7 września milicjanci wywieźli o. Félix z miejsca uwięzienia, został zastrzelony w lokalizacji nazywanej Corral de tìo Quintìn na granicy miejscowości Hueva (Guadalajara). Ciało zostało zostawione na poboczu, skąd zabrano je i pochowano na cmentarzu w Hueva. Ekshumowano je 9 października 1989 roku i przeniesiono do franciszkańskiego kościoła San Juan de los Reyes w Toledo.
Beatyfikacja Ojciec Félix Gómez-Pinto Piñero OFM został ogłoszony błogosławionym wraz z innymi 497 męczennikami hiszpańskimi przez papieża Benedykta XVI na Placu Świętego Piotra 28 października 2007 roku.