thumb|240px|Wieża kościelna Najpierw zbudowano masywną wieżę zachodnią. Do prezbiterium dobudowano trójboczne zakończenie, ponownie je sklepiono i wykonano kamienny stół ołtarzowy. W 1480 roku powstał portal południowy. W 1489 roku kościół został sklepiony i stał się dwunawowy, co jest raczej rzadkością w estońskich kościołach. Pierwsze wzmianki o organach w kościele w Keili pochodzą z tego okresu. W księdze rachunkowej z lat 1472-1553, która się zachowała, znajduje się adnotacja, że w 1482 roku zapłacono organmistrzowi Oly'emu 44 ½ marki za wykonaną pracę. Księga ta zawiera również informacje o majątku kościelnym, z których wynika, że kościół był w tym czasie bardzo bogaty. W kościele znajdowały się np. cztery ołtarze, na głównym ołtarzu stała figura Matki Boskiej z Dzieciątkiem Jezus, mieli oni na sobie aksamitne szaty i złote korony. Kościół posiadał również małą bibliotekę składającą się z trzech ksiąg liturgicznych.
Kościół w Keila został zniszczony podczas wojny inflanckiej w 1558 roku, a wnętrze zostało okradzione. Kościół został odrestaurowany w 1596 roku.