Dzisiejsze wnętrze kościoła pochodzi ze znacznie późniejszego okresu. Wewnątrz znajduje się renesansowy ołtarz, który został wykonany w warsztacie tallińskiego mistrza Tobiasa Heintze. Ołtarz był prezentem z 1632 roku od właścicieli ziemskich z Saku i Sausti – Bernharda von Scharenberg i Anny von Rosen. Ambona również wykonana w warsztacie T. Heintze; podarowana przez von Klugenów – właścicieli folwarku Klooga.
Na ścianie prezbiterium wisi obraz "Sen Jakuba", który jest pamiątką po pastorze Morianie z XVII wieku i który był używany w nauczaniu katechizmu. Proboszcz Antonius Heidrich napisał również podręcznik do obrazu, ale nigdy nie został wydrukowany.
W kościele znajduje się kolekcja żyrandoli. Jeden z nich, wiszący przed amboną, posiada napis w języku niemieckim: "Anno 1659. Kiedy Anthonius Heidrich z Tallina był tutaj księdzem, Kohna Iahn musiał podarować ten żyrandol Keili lub kościołowi św. Michała ku czci Boga i pamięci Lambapeh Ivrri, którego przypadkowo zabił".