Po tym, jak dowiedziała się szczegółów, czasowo odmówiła mężowi pożycia seksualnego, bo choć popierała Holocaust, nie chciała, by działo się to blisko jej domu. Miała dostęp do dokumentów, niektóre, w sprawach pilnych i pod nieobecność męża, podpisywała za pomocą jego faksymile. Mąż nazywał ją królową Auschwitz lub pieszczotliwie Mutz.
Hedwig Höß decydowała w sprawach domowych. Hößowie zamieszkali w willi przy obozie Auschwitz-Birkenau, blisko budynku komendantury z biurem komendanta, w maju 1940. Willę odebrano rodzinie polskiego sierż. Józefa Soi. Hedwig Höß poświęcała się pielęgnowaniu przydomowego ogrodu. Do użyźniania ziemi w ogrodzie używała prochów z krematorium. Tak jak mąż przejawiała zamiłowanie do zwierząt. Hedwig Höß zatrudniała w swoim gospodarstwie, w domu i ogrodzie, polskich więźniów i cywilnych robotników przymusowych, jak również niemieckie opiekunki do dzieci, pomoc domową, kuchenną (jedna z nich była Sophie Stippel), krawcowe i szoferów. Na terenie obozu założyła i prowadziła szwalnię, w której więźniarki szyły odzież dla żon personelu obozowego. W willi, której remont przeprowadzono w 1941, organizowała m.in. przyjęcia dla oficerów SS.