Od września 1940 roku przewodniczącym prezydium ŻSS był Michał Weichert. W skład pierwszego prezydium weszli oprócz niego Józef Jaszuński, Beniamin Zabłudowski, Gustaw Wielikowski, Marek Bieberstein, Chaim Hilfstein i Eliasz Tisch. Pierwszych czterech członków prezydium było przedstawicielami z Warszawy, a reszta pochodziła z Krakowa. Początkowo planowano, by w skład prezydium weszli przedstawiciele wszystkich czterech dystryktów Generalnego Gubernatorstwo, z powodu trudności w organizowaniu posiedzeń ograniczono miejsca przebywania członków prezydium do dwóch miast. Wszyscy warszawscy członkowie prezydium byli wcześniej działaczami Komisji Koordynacyjnej Żydowskich Organizacji Społecznych i Opiekuńczych, poza Weichertem byli także członkami Rady Żydowskiej. Sekretarzem generalnym prezydium został Emanuel Ringelblum.
Pierwsze posiedzenie prezydium odbyło się 5 września 1940 roku, po zebraniu wysłano okólnik do Judenratów w Warszawie, Krakowie, Lublinie, Radomiu, Częstochowie i Kielcach, z informacją, że zostaną w nich powołane pięcioosobowe Żydowskie Komitety Opiekuńcze. W styczniu 1941 ŻSS zatrudnił do pomocy inspektorów Jointu, którzy raportowali prezydium o działalności opiekuńczej prowadzonej w terenie.