Pierwsze dane archiwalne o portrecie pochodzą z 1594 roku, kiedy to obraz trafił do biblioteki Gimnazjum Akademickiego. W galerii zgromadzono obrazy przedstawiające najwybitniejszych torunian. W XIX wieku pojawiły się pierwsze badania historyków sztuki nad obrazem. Następnie portret został przeniesiony do Państwowego Gimnazjum Męskiego im. Mikołaja Kopernika w Toruniu.
Podczas II wojny światowej obraz trafił do Muzeum Miejskiego (obecnie Muzeum Okręgowe). Na przełomie 1939 i 1940 roku przeprowadzono reorganizację zbiorów muzealnych. Pracami kierował wybrany przez nadburmistrza Torunia Franza Jakoba dyrektor muzeum Adolf Schwalmberger. Reorganizacja zbiorów miała za zadanie udowodnić, że Toruń jest miastem stricte niemieckim. 8 grudnia 1940 roku wystawiono obraz na wystawie Thorn, eine Stadt deutschen Geistes (Toruń, miasto niemieckiego ducha), na której niemieccy kierownicy muzeum pokazali eksponaty poświęcone ważniejszym niemieckim mieszkańcom miasta. Obraz wystawiano również w grudniu 1942 roku oraz w 1943 roku z okazji 400. rocznicy śmierci astronoma. Na przełomie lat 1944–1945 Niemcy próbowali wywieźć obraz do III Rzeszy. Portret odnaleziono w 1945 roku w składnicy w Wyrzysku. Po jego odnalezieniu I Liceum Ogólnokształcące im.