W 1941 zajęcia zostały przeniesione do budynku Gimnazjum Króla Wilhelma przy ówczesnej ul. Sonnenstrasse. W lutym 1943 ostatni raz przeprowadzono w szkole egzamin maturalny, a jesienią tego roku uczniowie wyższych klas zostali skoszarowani w okolicach Wrocławia w barakach artylerii lotniczej i naukę łączyli ze szkoleniem wojskowym, a świadectwo maturalne otrzymali w 1944 bez egzaminu. 4 maja 1944 osiem młodszych klas wraz z nauczycielami zostało przeniesionych do Kłodzka (nauka w szkołach wrocławskich została ostatecznie przerwana 21 stycznia 1945)Agnieszka Gryglewska Gmach dawnego Gimnazjum św. Elbiety na Polach Stawowych. Jego architektura jako odbicie tradycji szkoły, w: Jolanta Szablicka-Żak, Agnieszka Gryglewska (red.) Salve lux post tenebras. Historia instytucji oświatowych w budynku dawnego Gimnazjum św. Elżbiety przy ul. Dawida we Wrocławiu, wyd. Via Nova, Wrocław 2015, s. 114Jolanta Szablicka-Żak, Agnieszka Gryglewska Kalendarium - historia gmachu i instytucji oświatowych, w: Jolanta Szablicka-Żak, Agnieszka Gryglewska Salve lux post