Kiedy w 1869 Samuel Baker został zaproszony przez Isma’ila Paszę do Afryki, by pomóc w wyeliminowaniu lub ograniczeniu handlu niewolnikami w okolicach Gondokoro jako generalny gubernator Nilu Równikowego, Florence Baker pojechała z mężem. Pracowała jako sanitariuszka. Brała udział w przegranej dla Europejczyków bitwie pod Bunyoro.
W 1873 małżonkowie zamieszkali w domu Sandford Orleigh w Newton Abbot w Devon. W lutym 1883 Charles Gordon poprosił Samuela Bakera o pomoc w ewakuacji ludzi z oblężonego Chartumu podczas powstania Mahdiego. Obecność Florence Baker została uznana za niezbędną, ale kobieta nie chciała wrócić do Afryki. Baker nie przyjął oferty. Zmarł w 1893.
Według spisu powszechnego Wielkiej Brytanii z 1901 Florence B.M. Baker mieszkała w Sandford, Orleigh w Highweek. Zapisano, że miała 58 lat i urodziła się na Węgrzech. Mieszkała z Ethel L. Baker, 46-letnią pasierbicą i ośmioma służącymi, w tym kucharzem i lokajem.
Została pochowana w grobowcu z mężem.
Dziedzictwo Bakerowie zostali umieszczeni na obrazie Severino Baraldiego zatytułowanym „Samuel Baker (1821–1893) i odkrycie Jeziora Alberta”.