W dokumentach podano, że panna młoda nazywała się Florence Barbara Marie Finnian.
Bakerowie wyjechali do Afryki, gdzie Samuel prowadził wyprawę mającą na celu odnalezienie źródeł Nilu. W Gondokoro w dzisiejszym Sudanie Południowym Florencja uratowała wyprawę, łagodząc konflikt między mężem a nielojalnym personelem. W Gondokoro, bazie handlu kością słoniową i niewolnikami, miejscem, od którego należało ruszyć w pieszą wyprawę, Bakerowie spotkali Johna Hanninga Speke i Jamesa Augustusa Granta. Podróżnicy opowiedzieli im o swoich poszukiwaniach i zasugerowali, aby zbadać inną odnogę Nilu. W relacjach Speke i Granta nie pojawia się informacja o Florence Baker, taką bowiem umowę zawarli z jej mężem.
Florence i Samuel Bakerowie odkryli Wodospad Murchisona i Jezioro Alberta na terenach dzisiejszej Ugandy.
Po powrocie do Anglii zamieszkali w Hedenham Hall w Norfolk.
Po tym, jak Samuel Baker otrzymał tytuł szlachecki, jego żona została ogłoszona Lady Baker. Szczegóły ich spotkania utrzymywano w tajemnicy, ale plotki sprawiły, że królowa Wiktoria zdecydowała się wykluczyć Bakera z otoczenia dworskiego.