Jest autorką ponad 50 artykułów naukowych. Do maja 2026 roku jej publikacje były cytowane ponad 700 razy, a wskaźnik Hirscha wynosił 14.
Działalność badawcza Zakres kompetencji Pękali-Safińskiej obejmuje choroby ryb, zarządzanie zdrowiem ryb, patogeny ryb, mikrobiologię oraz terapię ryb. Brała udział w przedsięwzięciach badawczych, obejmujących tematy finansowane w ramach działalności statutowej, projekty grantowe o charakterze krajowym i międzynarodowym oraz zadania realizowane w programie wieloletnim.
Choroby wirusowe ryb Jednym z pierwszych obszarów jej pracy była diagnostyka infekcji wirusowych u ryb. W PIWet-PIB wprowadziła do praktyki laboratoryjnej dwie techniki identyfikacji patogenów: seroneutralizację oraz immunofluorescencję. Zastosowanie tych metod umożliwiło wykrycie w Polsce wirusa zakaźnej martwicy układu krwiotwórczego (IHNV), co potwierdzono przy użyciu RT‑PCR oraz mikroskopii elektronowej.