Profesor Sławomir Stankowski pełnił liczne funkcje organizacyjne. Był przedstawicielem asystentów i adiunktów w Senacie (1990–1996), członkiem Senackiej Komisji ds. Badań Naukowych i Współpracy z Zagranicą (1990–1993 i 2002–2005), członkiem Uczelnianej Komisji Nauki (2002–2008), Uczelnianym Koordynatorem Programu „Sokrates Erasmus” (1998–1999), a także członkiem Komitetu Uprawy Roślin PAN (2011-2022). W latach 1999–2002 pełnił funkcję prorektora ds. rozwoju i współpracy z gospodarką50 lat Akademii Rolniczej w Szczecinie. Lech Pałasz (red.). Szczecin 2004, s.9, ISBN 83-7317-125-8 (dostęp 2024-05-23)..
Profesor Sławomir Stankowski brał udział jako kierownik lub wykonawca w 13 grantach krajowych oraz 19 projektach zleconych z gospodarki. Był współorganizatorem 32 ogólnopolskich i międzynarodowych konferencji naukowych jako przewodniczący, członek komitetu organizacyjnego lub naukowegoBiogram Sławomira Stankowskiego. W: 50 lat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Akademii Rolniczej w Szczecinie. Red. Stanisław Dzienia. Dziekanat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa. Wyd. I. Szczecin 2004, s. 126–127. ISBN 83-7317-065-0..