W tej uczelni kształcił się przez kolejnych przez sześć lat, zdobywając po czterech latach stopień bakałarza filozofii (21 lipca 1583), a po następnych dwóch (25 sierpnia 1585) – magistra filozofii. Następnie wyjechał na dalsze studia do prestiżowej wówczas Akademii Wileńskiej, która oferowała pełne wykształcenie filozoficzne i teologiczne. W 1587 roku wstąpił do Towarzystwa Jezusowego w Krakowie. Przez kolejne 2 lata odbywał tam nowicjat. W 1594 roku otrzymał w Wilnie święcenia kapłańskie. Następnie był profesorem retoryki, kontrowersji, poetyki i matematyki w Akademii Wileńskiej. W 1598 roku wyjechał na stałe do Dorpatu, do seminarium tłumaczy (Seminarium Interpretum) uczącego języków klasycznych oraz nowożytnych – szwedzkiego, niemieckiego, polskiego, włoskiego oraz podstaw estońskiego. W 1600 roku Dorpat zajęły wojska szwedzkie i placówka ta została zamknięta. Bojer został wówczas skierowany do misji północnej. Rozpoczął pracę, przerywaną licznymi wyjazdami, w kolegium jezuitów w Braniewie. Był tam wykładowcą kontrowersji teologicznych. Wykładał ten przedmiot w ramach dwuletniego kursu, wraz z Pismem św. i teologią moralną, w celu przygotowania mniej zdolnych studentów do pracy duszpasterskiej.