Niektórzy autorzy podają jako kreatora gatunku nie Saint-Hilairego, ale Humboldta, podając jako rok publikacji jego pracy 1811. W rzeczywistości jednak publikacja Humboldta ukazała się w 1812 roku. Podaje on jednak jako autora nazwy Saint-Hilairego, co więcej, opisuje on gatunek pod nazwą Simia penicillata, łącząc wymyślony przez wspomnianego autora epitet gatunkowy z nazwą rodzajową Simia.
Przez pewien czas uistiti czarnoczubą traktowano jako podgatunek uistiti białouchej, podążając za publikacją Hershkovitza.
Uistiti czarnoczuba jest gatunkiem monotypowym.
Zaobserwowano krzyżowanie się z pokrewnymi gatunkami. W stanie Bahia obserwowano krzyżówki uistiti czarnoczubej i białouchej, natomiast w Minas Gerais uistiti czarnoczuba krzyżuje się z uistiti białoczelną.
W 2012 roku ukazała się publikacja Schneidera i innych, w której zbadano mtDNA regionu kontrolnego. W efekcie uzyskano następujące drzewo filogenetyczne:
Gatunek uwzględniono też w badaniach Buckner i innych z 2015.