Na przykład jeśli cząsteczka badanego DNA ma następującą postać: [odcinek komplementarny do startera]GATTCGA, to w reakcji typu A mogą powstać następujące trzy rodzaje produktów: [starter]CTA [starter]CTAA [starter]CTAAGCT
gdzie A - dideoksyanalog powodujący terminację
DNA matrycowy (badany): [odcinek komplementarny do startera]GATTCGA. Fragment autoradiogramu uzyskanego w metodzie Sangera|thumb|332x332px Jak widać, od reguły, że w reakcji A wszystkie produkty zakończone są nukleotydem adeninowym może zdarzyć się wyjątek, ale dotyczy to tylko najdłuższych produktów, łatwych do rozpoznania (najdłuższe produkty pomija się w analizie).
Ponieważ w naturalnych cząsteczkach DNA każdy z czterech rodzajów nukleotydów występuje wiele razy, to fragmenty zakończone jednego rodzaju nukleotydem mogą mieć bardzo różną długość. W probówce wszystkie te cząsteczki są wymieszane, można je jednak uporządkować pod względem wielkości, poddając roztwory otrzymane po reakcji sekwencjonowania rozdziałowi elektroforetycznemu. Sanger zastosował do tego wysokorozdzielczą elektroforezę żelową, umożliwiającą rozróżnienie łańcuchów DNA różniących się tylko jednym nukleotydem. Im krótsze są cząsteczki DNA (im mniej nukleotydów zostało dołączonych), tym dalej wędrują podczas doświadczenia w kierunku elektrody dodatniej.