Produkty czterech wariantów reakcji sekwencjonowania (oznaczone tutaj A, T, G, C) nanosi się na żel równolegle do siebie, aby łatwiej było je porównywać.
Wizualizacja prążków i analiza sekwencji Po przeprowadzeniu rozdziału cząsteczek DNA trzeba je uwidocznić. Do niedawna standardowym podejściem była autoradiografia, czyli technika wizualizacji DNA, za pomocą radioizotopu, którym ten został ówcześnie wyznakowany. Używany w tym celu izotop P-32 ulega rozpadom β, dającym się odcisnąć na kliszy fotograficznej (rentgenowskiej), której naświetlanie przez kilkadziesiąt godzin pozwala na uzyskanie autoradiogramu, będącego obrazem różnych frakcji DNA w formie ciemnych prążków na wywołanej kliszy. Cząsteczki będą migrować w żelu z prędkością odpowiadającą ich długości - im krótszy łańcuch DNA, tym jest ona większa. Najdłuższym cząsteczkom DNA odpowiadają prążki położone najdalej od jednej z krawędzi kliszy (odpowiadającej miejscu naniesienia próbek na żel). W celu uzyskania sekwencji danego fragmentu DNA dokonuje się analizy rozmieszczenia prążków. Patrząc od strony anody ("od dołu") i odczytując kolejność prążków z uwzględnieniem wszystkich czterech ścieżek, uzyskujemy sekwencję DNA nici niematrycowej (5' → 3').