W 1420 kościół spłonął podczas najazdów tureckich, kolejny pożar miał miejsce w 1474 roku. W okresie reformacji znaczenie świątyni spadło, a w następnych latach część wyposażenia została zarekwirowana i przetopiona na cele wojenne.
Budowę nowego kościoła rozpoczęto w XVII wieku za sprawą cesarza Ferdynanda III Habsburga. Projekt sporządził włoski architekt Domenico Sciassia. Prace budowlane trwały od roku 1644, w 1654 rozebrano gotyckie prezbiterium. Przed 1662 wzniesiono wschodnią część świątyni prócz kopuły, a w latach 1678–1681 wzniesiono dwie wieże przy fasadzie. Z poprzedniego kościoła pozostawiono gotycką wieżę centralną, prace budowlane ukończono w 1683 roku. Renowacja miała miejsce w latach 1755–1756.
W noc Wszystkich Świętych w 1827 roku doszczętnie spłonął dach i trzy wieże sanktuarium, stopieniu uległo osiem dzwonów, a wyposażenie zostało uszkodzone przez sadzę i akcję gaśniczą. Cudowna figura została wyniesiona z kościoła i przeniesiona do kaplicy na Sigmundsbergu. Odbudowany dach jest znacznie mniej stromy niż pierwotny.