Osada od północy graniczyła z Węgrzcami, od wschodu z wsiami Batowice, Mistrzejowice i Rakowice, a od południa z Dąbiem i Grzegórzkami. Grunty Prądnika dochodziły aż do kościoła parafii św. Mikołaja, która historycznie była związana z benedyktynami z Tyńca. Z tego też powodu tereny prądnickie aż do lat 20. XX w. należały do parafii św. Mikołaja. Jan Długosz określał tereny Prądnika jako „przedmieście za bramą św. Mikołaja”.
Kolejna informacja to potwierdzenie w 1275 własności benedyktyńskiej przez księcia Bolesława Wstydliwego. W tym czasie wytyczono drogowe centrum zabudowy (wzdłuż obecnej ulicy Dobrego Pasterza). W 1327 powstało sołectwo prądnickie (w relacji Długosza w 1400), z pierwszym sołtysem Janem Stepko. W 1479 Długosz nabył część gruntów Prądnika i planował sprowadzenie tutaj kartuzów. Po jego śmieci plany jednak nie doszły do skutku. W XV w. na terenie Prądnika zaczynają powstawać folwarki krakowskich klasztorów: jezuitów, dominikanów i franciszkanów. Przynależność danego folwarku oznaczano przymiotnikiem dodawanym do nazwy Prądnik. Był więc Prądnik Benedyktyński, Prądnik Dominikański, Karmelitański, zwany także Bosackim, oraz Franciszkański.