W 1491 wybudowano pierwszy młyn papierniczy na terenie Polski.
Czasy nowożytne Wieś ucierpiała w trakcie walk jakie toczyły na jej terenie w 1587 wojska arcyksięcia Maksymiliana Habsburga z wojskami Jana Zamoyskiego. Podobno wówczas powstała ostateczna nazwa wsi Prądnik Czerwony i nawiązywała do krwi rozlanej na jej terenach podczas walki.
Pod koniec XVI w. powstał renesansowy dwór rodziny Cellari, w którym gościł król Władysław IV Waza. W 1642 na terenie folwarku należącego do klasztoru dominikanów powstała barokowa kaplica pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela, która istnieje do dzisiaj.
Wiek XIX W latach 1800–1803 na części gruntów dawniej folwarku Bosackiego założono Cmentarz Rakowicki. Pod koniec XIX w. Prądnik Czerwony tworzył z Olszą jedną gminę. W 1890 liczył 166 domów i 2750 mieszkańców (w tym ponad 700 żołnierzy). Według austriackiego spisu ludności z 1900 w 194 budynkach na Prądniku Czerwonym na obszarze 499 hektarów mieszkało 3995 osób, z czego 3737 (93,5%) było katolikami, 207 (5,2%) wyznawcami judaizmu, 30 (0,8%) grekokatolikami, a 21 (0,5%) innej religii lub wyznania, 3743 (93,7%) było polsko-, 152 (3,8%) niemiecko-, 19 (0,5%) rusko-, a 37 (0,9%) innojęzycznymi.