Grzyby kopalne () – grzyby (Fungi) i organizmy grzybopodobne (należące do Chromista), które występowały w dawnych epokach geologicznych. Zajmuje się nimi dział nauki zwany paleomykologią.
Paleomykologia: znaczenie i historia dziedziny Badania grzybów kopalnych umożliwiają opracowanie ewolucji grzybów, a także ich związków z roślinami. Skamieniałe organizmy grzybowe są ważne także dla historii ewolucji geologicznej. Wietrzenie skał i obieg składników odżywczych w osadach pokazują wpływ grzybów drobnoustrojowych na procesy geologiczne.
Ciało grzybów jest mięsiste, ich strzępki bardzo delikatne i bardzo nietrwałe, co powoduje, że źle się zachowują. Z tego powodu znaleziska grzybów kopalnych są znacznie mniej liczne niż znaleziska zwierząt i roślin. Większość skamieniałych pozostałości grzybów, takich jak zarodniki, owocniki i sklerocja, odkryto w bursztynie, niektóre w skamieniałościach roślin i w skałach. R.M. Kalgutkar i J. Jansonius w 2000 r. sporządzili zestawienie 950 znanych gatunków grzybów kopalnych należących do 230 rodzajów.