Najstarsze opisy grzybów kopalnych pochodzą z pierwszej połowy XIX wieku i w większości odnoszą się do skamieniałości karbońskich, jednak interpretacja opisów, wykonanych bez użycia mikroskopu, w kategoriach współczesnej taksonomii jest często niemożliwa. W drugiej połowie XIX wieku badania paleomykologiczne o trwałej wartości prowadzili między innymi i Luigi Meschinelli.
Prekambr W datowanych na 1300 mln lat rogowcach w Kanadzie znaleziono skamieniałości przypisywane lęgniowcom (Oomycota). Ich przynależność do tej grupy organizmów budzi jednak poważne zastrzeżenia. Dużo mniej zastrzeżeń budzą skamieniałości lęgniowców z późnego prekambru, należące prawdopodobnie do Saprolegniales. Żyły w wodzie. W późnym prekambrze lub wczesnym paleozoiku powstały pierwsze grzyby lądowe. Według G.J. Retallacka pierwsze porosty powstały w proterozoiku, ale interpretacja pozostawia sporo wątpliwości.
Paleozoik W pochodzących z kambru fragmentach skorupek zwierząt morskich znaleziono grzyby skoczkowce (Chytridiomycota). Z kambru pochodzi także należący do Saprolegniales lęgniowiec spokrewniony ze współczesnymi z rodzaju Leptolegnia.