Historia Elżbieta Zawacka zaczęła gromadzić materiały poświęcone Wojskowej Służbie Kobiet, konspiracji pomorskiej i Zagrodzie w latach 60. XX wieku. Idea założenia Fundacji pojawiła się pod koniec lat 80. W założeniu miała to był Archiwum Armii Krajowej, do której miały trafić zebrane przez Zawacką zbiory. Powstała Fundacja Archiwum i Muzeum Armii Krajowej im. Stefana Grota Roweckiego w Warszawie, jednak nie zdołała rozwinąć swojej działalności. W tej sytuacji Zawacka pojęła decyzję o powołaniu Fundacji „Archiwum Pomorskie Armii Krajowej”, z siedzibą w Toruniu. 16 lutego 1990 roku zostało złożone oświadczenie woli o ustanowieniu Fundacji. 24 kwietnia 1990 Fundacja została wpisana do rejestru Sądu Rejonowego dla Warszawy-Pragi i uzyskała osobowość prawną. Założycielami byli: Elżbieta Zawacka, Stanisław Salmonowicz, Grzegorz Górski. W lipcu 1993 roku powstała Filia Fundacji w Gdańsku.
W listopadzie 1996 roku podczas zjazdu VI Sesji naukowej Elżbieta Zawacka wraz z kombatantkami powołały do życia Memoriał Generał Marii Wittek. Jej zadaniem miało być gromadzenie materiałów, które dokumentują służbę wojskową Polek na frontach II wojny światowej.