Od jesieni 1939 roku działał w strukturach Służby Zwycięstwu Polski a później Związku Walki Zbrojnej. Od marca 1940 roku w ramach Tajnej Armii Polskiej przy udziale zaufanych policjantów, tworzył struktury konspiracyjne. Kierował komórką wywiaduFeliks Pisarewski - Parry, Orły i reszki, Warszawa 1984;. Aresztowany 7 maja 1940 roku i osadzony na Pawiaku. Po krótkotrwałym śledztwie zwolniony, powrócił do służby. W ramach działalności konspiracyjnej, rozpracował niemieckiego agenta Józefa Hammer-Baczewskiego o pseudonimie „Wujek”, który działał na terenie Warszawy od połowy 1940 roku twierdząc, że działa z upoważnienia gen. Władysława Sikorskiego. Baczewski miał oferować pomoc przy wyciąganiu więźniów z obozów koncentracyjnych. Przedsięwzięcie to określano „nadwywiadem rządu londyńskiego”. Hammer-Baczewski został rozpracowany i wkrótce zlikwidowany jako groźny konfident GestapoJacek Wilamowski, Włodzimierz Kopczuk, Tajemnicze wsypy, Warszawa 1990;. Od 1940 kpt. Szymon Wykowski został członkiem Kadry Bezpieczeństwa  organizacji konspiracyjnej składającej się z kadry policyjnej, a od 1941 roku działał w Organizacji Wojskowej - Korpusie Bezpieczeństwa (OW-KB), skupiającą rzeszę funkcjonariuszy policji „granatowej”, zaprzysiężonych członków podziemiaTadeusz Bednarczyk, Obowiązek silniejszy od śmierci, Warszawa 1982 s. 107-108;.