W 1841 w bibliotece kapituły katedralnej odkryto pogańskie zapiski z X wieku, zwane Zaklęciami Merseburskimi, przetłumaczone następnie z języka staro-wysoko-niemieckiego i rozpowszechnione przez Jacoba Ludwiga Karla Grimma. Katedra ucierpiała podczas II wojny światowej wskutek nalotu bombowego, chociaż w znacznie mniejszym stopniu niż sąsiedni zamek. W latach 1964–1971 zabezpieczono ściany i wyremontowano dach, a w latach 1972–1974 odrestaurowano wnętrze kościoła.
Architektura i wyposażenie Zachodnia część katedry reprezentuje wczesny gotyk, a reszta korpusu nawowego – późny gotyk. Fragmenty transeptu, wież zachodnich i krypta zawierają detale romańskie. Sklepienia sieciowe w nawie powstały w XVI wieku. Część zachodnia ma układ bazylikowy, a wschodnia – halowy. Ołtarz główny pochodzi z roku 1668, wmontowano w niego dwa obrazy – dolny przedstawia Chrystusa ukrzyżowanego adorowanego przez księcia Chrystiana I i księżną Chrystianę, fundatorów ołtarza, a górny – Zmartwychwstanie Jezusa Chrystusa. Autor nie jest znany. Ołtarz usunięto z prezbiterium w latach 80. XIX wieku i zastąpiono nowym, neoromańskim, lecz w 1914 roku wrócił na swoje miejsce. Wnętrze zdobi również m.in. romańska chrzcielnica z wizerunkami apostołów i proroków. Renesansową ambonę wykonano z drewna dębowego ok.