W 1608 wykonano kryptę, w której chowano kolejnych władców Wirtembergii.
Po I bitwie pod Nördlingen w 1634 roku miasto zajęły wojska habsburskie, a kościół przeszedł w ręce jezuitów. Zakonnicy kazali usunąć kilka nagrobków protestanckich duchownych ze świątyni i umieścili w ich miejscu wizerunki świętych lub umiejscowili groby własnych współbraci – tuż przy grobie Brenza pochowano jezuitę, o. Eusebiusa Reeba. W styczniu 1649 kościół wrócił w ręce luteran, mimo likwidacji kapituły wciąż był znany jako kolegiata. W 1683 kryptę książęcą wydłużono na północ oraz dobudowano kolejną kryptę pod zakrystią. Do 1806 był to jedyny kościół parafialny w mieście. W latach 1807–1810 do kościoła przeniesiono organy z sekularyzowanego klasztoru w Zwiefalten; w celu ich montażu rozebrano gotyckie lektorium. W latach 1837–1845 instrument zainstalowano na nowo wybudowanej emporze. W 1826 rozebrano sklepienie prezbiterium i zastąpiono je drewnianym stropem. W latach 1839–1843 kościół poddano regotycyzacji wg projektu oraz usunięto część zabytkowych nagrobków. W latach 1879–1881 przemalowano ściany i sklepienia prezbiterium oraz pozłocono część żeber i zworników. W 1886 uruchomiono parową instalację grzewczą.