Pierwsze zniszczenia spowodowane II wojną światową pojawiły się wskutek nalotu z wiosny 1944 roku. Podczas kolejnego nalotu z 25 lipca 1944 świątynia doszczętnie spłonęła, a bombardowanie z 13 września 1944 zniszczyło południową ścianę. Kolegiata została praktycznie całkowicie zniszczona, z wyjątkiem dwóch wież, które groziły zawaleniem. Po latach dyskusji w 1954 podjęto decyzję o powierzeniu odbudowy . Architekt zdecydował o rekonstrukcji zewnętrznego wyglądu świątyni oraz wykreowaniu całkowicie nowego wnętrza – zrezygnował z układu halowego na rzecz jednej, wielkiej nawy przykrytej drewnianym sklepieniem kolebkowym. 1 czerwca 1958 konsekrowano nową nawę. W 1993 ogłoszono konkurs architektoniczny na przebudowę kościoła, w którym zwyciężył architekt . Prace budowlane opóźniły prace archeologiczne w świątyni. W latach 1999–2003 wzniesiono tzw. dolny kościół, który umożliwia podziwianie znalezisk archeologicznych. Pod sufitem podwieszono tafle szkła przypominające żagle, nawiązujące do kształtu dawnych sklepień.