Z własnym zespołem przyczynił się do popularyzacji bluesa w Wielkiej Brytanii.
W 1965 roku do Bluesbreakers dołączył, po opuszczeniu The Yardbirds, Eric Clapton, niezadowolony z kierunku, w którym podążał zespół. Mayalla i Claptona łączyła pasja do chicagowskiego bluesa, a Clapton wspominał później, że Mayall miał „najbardziej niesamowitą kolekcję płyt, jaką kiedykolwiek widziałem”. Pierwsze sesje z udziałem Claptona wyprodukował Jimmy Page (który wkrótce odszedł do The Yardbirds). Z zespołu odszedł też na krótko Clapton, a jego miejsca zajął wtedy Peter Green. Gdy Clapton powrócił, zespół nagrał z nim swój pierwszy album, Blues Breakers with Eric Clapton, wydany w 1966 roku. Album okazał się sukcesem komercyjnym: we wrześniu doszedł do 6. miejsca na liście UK Albums Chart. Wznowiony w 1998 roku uzyskał 29 stycznia 2016 roku w Wielkiej Brytanii certyfikat złotej płyty, znalazł się również na 195. miejscu Listy 500 albumów wszech czasów magazynu Rolling Stone. Clapton odszedł wkrótce po nagraniu albumu, by założyć Cream. Skład zespołu w drugiej połowie lat 60 cechowały liczne zmiany personalne, grali w nim między innymi Mick Fleetwood i Mick Taylor.