Krzysztofa Badory obszar Prudnika znajduje się w granicach czterech mikroregionów: Doliny Prudnika (318.58.4), Obniżenia Prudnickiego (318.58.5), Przedgórza Głuchołasko-Prudnickiego (332.17.3) i Wzgórz Długockich (332.17.4).
Historycznie Prudnik początkowo należał do Moraw jako część enklawy biskupów morawskich, zaś od włączenia go w 1337 do księstwa niemodlińskiego leży na historycznym Górnym Śląsku. Miasto jest głównym ośrodkiem regionu zwanego ziemią prudnicką, do którego, oprócz Prudnika, należą też miasta Biała, Głogówek i Strzeleczki. Ziemia prudnicka charakteryzuje się miejscowościami zamieszkanymi zarówno przez ludność autochtoniczną: Niemców oraz Ślązaków, którzy posługują się gwarą prudnicką, jak i przez napływową (przesiedleńców z Kresów Wschodnich oraz osadników z innych części Polski, głównie z Małopolski), która osiadła na terenie ziemi prudnickiej po 1945 roku.
Według danych z 2011 powierzchnia Prudnika wynosi 20,50 km², co stanowi 16,8% powierzchni gminy Prudnik i 3,6% powierzchni powiatu prudnickiego. Stawia to miasto na 294. pozycji w Polsce pod względem powierzchni.
Podział miasta Według Krajowego Rejestru Urzędowego Podziału Terytorialnego Kraju częściami Prudnika są: Górka Kolonia Karola Miarki Lipno (Lipy) Młyn Czyżyka