Na obszarze miasta występują osady czwartorzędowe w postaci piasków i żwirów wolnolodowcowych, glin zwałowych, lessów i glin lessopodobnych, deluwium, żwirów stożków napływowych oraz mad teras zalewowych, a także podłoże dolnokarbońskie w postaci szarogłazów oraz łupków ilastych i mułowych.
W południowo-wschodniej części miasta znajduje się złoże surowców ilastych ceramiki budowlanej (głównie gliny) o powierzchni 36,28 ha. Eksploatacja złoża „Prudnik” o numerze IB 3120 została zaniechana. Teren poeksploatacyjny zrekultywowano w kierunku rolnym.
Gleby mały|Pole uprawne przy Kolonii Karola Miarki Na terenie Prudnika dominują gleby brunatne i pseudobielicowe wytworzone z utworów lessowatych oraz glin i żwirów pochodzenia lodowcowego. W dolinach rzecznych rozwijają się mady z iłów, pyłów oraz glin ciężkich i średnich. Gleby są żyzne, większość gruntów rolnych należy do klas bonitacyjnych I–III (najlepsze, bardzo dobre, dobre). Odczyn gleb przeważnie lekko kwaśny w użytkach rolnych i kwaśny w użytkach zielonych.