Havlík odmówił podjęcia studiów w utworzonym przez państwo centralnym seminarium duchownym i za zgodą przełożonych, wraz z czterema innymi seminarzystami, zamieszkał w Nitrze, potajemnie kontynuując studia teologiczne i formację zakonną.
29 października 1951 roku został aresztowany przez funkcjonariuszy Státní bezpečnost, wraz z innymi seminarzystami. Do rozpoczęcia procesu przebywał od aresztowania do lutego 1952 w areszcie śledczym w Nitrze, a następnie w areszcie sądowym w Bratysławie. W lutym 1953 został skazany za „zdradę stanu” na 14 lat więzienia. Wyrok miał odbywać w obozie pracy „Rovnosť” koło Jáchymova, gdzie pracował w kopalniach uranu. Sąd apelacyjny obniżył jego karę do 10 lat, jednak w maju 1958 został ponownie aresztowany i osadzony w areszcie śledczym w praskim Ruzyně za służbę misjonarską wśród współwięźniów. 27 lutego 1959 został skazany przez sąd w Pradze na kolejny rok więzienia. Jednak już w 1960 roku jego stan zdrowia był na tyle zły, że musiał zostać przeniesiony do szpitala więziennego w Valdicach (na terenie dawnego kosztoru kartuzów).