2 września w ciągu dnia 2 kompania km wspierała w walkach obronnych batalion ON „Bydgoszcz”, który bronił przejść przez jeziora w rejonie Wierzchucinka. Wieczorem wraz z bydgoskim batalionem ON opuściła zajmowane pozycje i wycofała się poprzez Gogolinek, Tryszczyn do Bożenkowa. Wieczorem batalion ON „Bydgoszcz”, a wraz z nim 2 kompania km z 6 b km i br. tow. został podporządkowany dowódcy 59 pp. Nad ranem 3 września wraz bydgoskim batalionem ON 2 kompania km obsadził pododcinek Nekla-Augustowo-szosa gdańska. Po południu 2 kompania odeszła w rejon Osowej Góry, gdzie dołączyła do 6 b km i br. tow. Poszczególne kompanie 6 batalionu zajmowały stanowiska w Tryszczynie, Osowej Górze i nad Kanałem Noteckim. Z uwagi na przełamanie obrony 23 pułku piechoty ze składu 27 Dywizji Piechoty na północnym odcinku obrony, od Wisły do szosy gdańskiej, zarządzona została ewakuacja przedmościa bydgoskiego, za rzekę Brdę i Kanał Bydgoski. Nocą 3/4 września 6 b km i br. tow. poszczególnymi kompaniami wycofywał się przez zachodnie przedmieścia Bydgoszczy. 4 września po wyjściu z lasu Czyżkówka około godz. 9.30 kompanie zostały ostrzelane z rejonu toru kolejowego przez niemieckich dywersantów.