Do zagrożeń dla mokradeł Wairarapa Moana oraz jezior Wairarapa i Ōnoke zalicza się spływy nawozów z okolicznych pól uprawnych skutkujące eutrofizacją wód, wkraczanie na ten obszar gatunków inwazyjnych, które wypierają przedstawicieli rodzimej flory i fauny oraz trzęsienia ziemi.
W 2020 roku mokradła zostały wpisany na listę konwencji ramsarskiej. Od 2014 roku teren o łącznej powierzchni 13 300 ha, który oprócz mokradeł Wairarapa Moana obejmuje również odcinki rzeki Ruamahanga i jej dopływów, stanowi ostoję ptaków IBA organizacji BirdLife International.
Fauna thumb|Węgorz nowozelandzki (2023) Na obszarze mokradeł Wairarapa Moana występuje ponad 50 rzadkich i zagrożonych gatunków roślin i zwierząt. Zarejestrowano tu występowanie ponad 100 gatunków ptaków, co odpowiada 23% awifauny całej Nowej Zelandii, podczas gdy Wairarapa Moana zajmuje jedynie 0,03% powierzchni tego kraju. Gniazduje tu bliska zagrożenia (Chroicocephalus bulleri), natomiast skrętodziób (Anarhynchus frontalis) oraz krytycznie zagrożone wyginięciem sieweczka nowozelandzka (Anarhynchus obscurus) i szczudłak czarny (Himantopus novaezelandiae) są gatunkami okazjonalnie zalatującymi.