Protestanci odprawiali nabożeństwa w korpusie nawowym, a katolicy – w prezbiterium.
Po rozpadzie Świętego Cesarstwa Rzymskiego w 1806 roku kapitułę zniesiono, a opiekę nad kompleksem przejął abp Karl Theodor von Dalberg, który w 1808 rozporządzeniem ustanowił podział funduszy pomiędzy wspólnotami, wg którego dwie parafie pokrywały po 9/24 kosztów, abp Dalberg – 2/24, a 4/24 miały pochodzić z pieniędzy publicznych. Po rezygnacji Dalberga umowę wielokrotnie nowelizowano. W 1837 gmina protestancka, po zorganizowaniu zbiórki i otrzymaniu dotacji od władz pruskich, rozpoczęła remont wnętrza. Usunięto 22 proste, średniowieczne ołtarze i część posągów, rozebrano empory i późnogotyckie sakramentarium z 1507. Nową emporę organową zaprojektowano w stylu neogotyckim. Parafia katolicka z kolei ufundowała przebudowę prezbiterium. W czerwcu 1857 powołano stowarzyszenie budowy katedry w Wetzlarze.