Na przełomie czerwca i lipca 1944 przebywał na kolejnej odprawie organizacji „NIE” w Komendzie Głównej w Warszawie. Z Warszawy wyruszył do Wilna dopiero 8 lipca 1944 i nie zdążył wziąć udziału w operacji „Ostra Brama”. Wrócił do Wilna w drugiej połowie lipca 1944, już po aresztowaniu generała Aleksandra Krzyżanowskiego „Wilka” i oficerów AK przez władze sowieckie. Mimo że formalnie był przewidziany na komendanta organizacji pod okupacją sowiecką zastał już odbudowane struktury pod dowództwem podpułkownika Juliana Kulikowskiego „Ryngrafa”. Podporządkował mu się i został szefem sztabu Okręgu Wileńskiego AK, a jednocześnie zastępcą Komendanta. Odbudował struktury konspiracyjne, stając się faktycznym reorganizatorem siatki okręgu.

8 stycznia 1945, po aresztowaniu podpułkownika Kulikowskiego przez NKWD, objął funkcję Komendanta okręgu. Przystąpił do kolejnego odtwarzania struktur polskiego podziemia niepodległościowego. Wobec postanowień jałtańskich, wykonując dyrektywy Komendanta Głównego AK, wydał 18 lutego 1945 rozkaz nr 10 – dotyczący rozwiązania Armii Krajowej w Okręgu Wileńskim. Zgodził się też na ewakuację struktur konspiracyjnych, przygotowując olbrzymią operację przerzucenia zasobów ludzkich wileńskiej AK na terytorium Polski centralnej.