W 1724 wnętrze katedry zostało przebudowane w stylu barokowym przez braci Asamów. W celu doświetlenia wnętrza powiększono okna clerestorium, a starsze elementy wyposażenia przeniesiono do krypty. W 1802 diecezja została zsekularyzowana. W 1821 jego nową siedzibą ordynariusza zostało Monachium, a mimo swojego historycznego znaczenia dawna katedra stała się kościołem filialnym miejskiej parafii św. Jerzego. W 1826 wzgórze katedralne zostało siedzibą seminarium duchownego i gimnazjum. Jednym z absolwentów i nauczycieli uczelni był późniejszy papież Benedykt XVI, który w 1951 w tym kościele przyjął święcenia kapłańskie. W latach 1919–1921 świątynię poddano renowacji, a fasada obecny wygląd uzyskała podczas gruntownego remontu w latach 1960–1970. W 1968 roku wyższe seminarium duchowne przeniesiono do Monachium, a w dawnej rezydencji biskupiej otwarto centrum edukacyjne Kardinal-Döpfner-Haus. W 1972 zamknięto niższe seminarium, dwa lata później w jego salach utworzono Diecezjalne Muzeum Sztuki Chrześcijańskiej. W 1981 liceum przeniesiono do nieodległego gmachu . W 1983 dawna katedra została wyniesiona do godności konkatedry archidiecezji Monachium i Freising. W 1994 otwarto bibliotekę, a w 2018 rozpoczęto remont kompleksu.