Około 1919 budynek był ponownie wykorzystywany jako seminarium. Jednym z wykładowców był w tym czasie Dun Karm Psaila, narodowy poeta maltański. Na początku lat dwudziestych XX wieku szkolenie przyszłych księży powróciło do Manresa House we Florianie. W maju 1926 pomysł wykorzystania dawnego budynku seminarium jako miejsca stałych wystaw został omawiany na zebraniach kapituły, dyskusja była kontynuowana później w przededniu wybuchu II wojny światowej, dokładnie w sierpniu 1938. W latach 1939–1942 budynek przeszedł kolejną zmianę, gdy z zagrożonych nalotami okolic Three Cities przenieśli się do byłego seminarium studenci St. Edward’s College.
Pod koniec lat 40. budynek służył jako miejsce zakwaterowania sióstr zakonu Dobrego Pasterza, podczas gdy niektóre pomieszczenia były zarezerwowane dla klas małej szkoły prywatnej zarządzanej przez kapitułę (Scuola della Cattedrale). W latach 40. do początku lat 50. dawne seminarium było również wykorzystywane jako dom rekolekcyjny. W trudnych latach II wojny światowej kwestia muzeum została odłożona na półkę.